上海交通大学医学院附属第九人民医院前身伯特利医院成立于1920年。1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为上海第二医科大学附属第九人民医院（以下简称第九医院）。2005年，上海第二医科大学与上海交通大学正式合并，第九医院更名为上海交通大学医学院附属第九人民医院（以下简称第九医院）。2014年11月，经上海市人民政府同意，上海交通大学医学院附属第九人民医院、上海交通大学医学院附属第三人民医院（前宝钢医院、三级综合医院）资源整合、南北医院、统一布局、统一管理，上海第三人民医院优先被命名为上海交通大学医学院附属第九人民医院（北医院），第二名为上海交通大学院附属第三人民医院。2015年10月，上海市教育委员会批准了上海交通大学院。医院承担本市区域基本医疗服务，主要从事急、危重、疑难疾病的治疗。也是上海市120指定医院、上海市口腔干部保健医疗指定医院。