医院前身为白求恩医科大学第三临床学院。成立于1949年11月，是中国人民解放军长春医科大学外科学院。经历了中国人民解放军第三军医大学第三临床学院、中国人民解放军第一军医大学第三临床学院、吉林医科大学第三临床学院、白求恩医科大学第三临床学院。1993年7月，医院主体迁至长春经济技术开发区新址。新医院由吉林省政府和长春市政府、国家卫生和计划生育委员会投资基础设施、日本政府免费援助价值26亿日元先进设备共同建设。为了纪念中日人民与政府之间的友谊，医院被命名为白求恩医科大学第三临床学院（中日友谊医院）。2000年6月，吉林大学、白求恩医科大学等五所大学合并成立了新的吉林大学，医院被称为吉林大学中日友谊医院。