医院成立于1956年，第一任主任是著名中医药学家、系委员（院士）叶玉泉教授。2013年6月，成为中国中医药科学院第一个地方分支机构，是省级公益研究机构、三级综合中西医结合医院、南京中医药大学第三临床医学院、国家重点中西医结合医院、国家药物临床试验机构、国家住院医师标准化培训基地、国家中医应急医疗队、江苏省中医综合应急医疗救援基地、美国心脏协会(AHA)授权的专业急救技能培训基地。2011-2012年度被评为江苏省文明单位，分别通过ISO9001和ISO15189质量管理体系认证。自成立以来，在继承和创新中取得了显著的成就。