医院门诊与北京大学、香港科技大学在技术和学术研究方面进行了普遍的沟通与合作，逐步扩大了对外开放的沟通方式。医院门诊与日本癌症研究有明医院、日本独家协会医学院、南加州大学洛杉矶儿科医院建立了姐妹医院门诊联系，与国际著名的休斯顿医学中心、华盛顿大学医学中心、麻省理工学院、加利弗犬大学旧金山医学中心和法国尼斯医学中心建立了密切的沟通合作联系，并进行了多次访问，以改善合作。

   北京大学深圳医院，原名深圳中心医院门诊，是深圳市政府项目投资完成的智能综合性医院。医院门诊于1999年底开业。2001年9月，深圳市政府与北京大学和香港科技大学合作。医院门诊改名为北京大学深圳医院和北京大学深圳临床医学医院，纳入北京大学附属医院体系管理。2011年，经广东省医院门诊审查联合会审查，被评为三级甲等医院。

   整形外科经过多年的发展趋势，整形外科已成为优秀人才的合理配置、强大的技术实力、医学教学研究的全面发展，在深圳及周边城市具有一定知名度的技术专业整形外科专业，是广东省医学协会整形外科分制协会、广东医生研究协会整形外科医生联合会常务委员、深圳针灸协会医学美容技术协会副主席领导小组。深圳科技创新一等奖和高科技成果奖。该部门拥有独立的医院门诊、医院病房和诊断室，并引进了一套完整的德国品牌手术室设备和面部轮廓整形外科微动力系统软件、电动剥离机、抽脂机、激光治疗仪器等。

   北京大学深圳医院整形外科成立于1999年，现有主任医师2名，副主任医师3名，主治医师1名，住院医师1名。主要技术骨干来自国内知名医院，接受过正规系统的整形培训，有的还有留学经验。科室每年完成5000多种整形手术，涵盖先天性畸形(如唇腭裂、尿道下裂、两性畸形)、创伤、烧伤、肿瘤切除后畸形矫正(如疤痕挛缩、组织缺损)、体表器官修复重建(如耳朵重建、乳房重建、阴茎重建)、美容手术(如除皱、双眼皮、隆鼻、隆乳、吸脂)、各种非手术美容项目(如激光美容、疤痕注射)等。并引进了一套完整的德国进口手术设备和面部轮廓整形手术微动力系统、电动剥离机、吸脂机、激光治疗仪等。经过多年的发展，整形外科已成为人才结构合理、技术实力强、医学教学研究全面发展、深圳及周边地区具有一定影响力的专业学科，是广东医学协会整形外科分会、广东医学协会整形外科分会常务委员、深圳医学协会整形外科委员会副主任。