黑龙江省中医药研究所的前身是黑龙江省祖国医学研究所（俗称祖先研究），是中国最早的省级中医药研究医疗机构之一。现在，随着规模的发展和功能的不断改进，它在1985年被更名为黑龙江省中医药研究所。同时，为了充分发挥医院的医疗优势，经黑龙江省编委批准的黑龙江省中医药医院牌匾于1995年被评为三级甲级中医药医院；现已发展成为集医疗、科研、研究生教育为一体的综合性中医药研究医疗机构。并被确定为黑龙江省和哈尔滨市城市职工医疗保险和哈尔滨铁路医疗保险指定医院。2008年获卫生部、国家食品药品监督管理局、国家中医药管理局联合授予的国家卫生系统先进集体荣誉称号。2008年，被确定为黑龙江省中医药管理局和十大工程建设单位。201010年，被评为黑龙江省中医药管理局第一、十大工程建设单位。

   医院占地面积2万平方米，建筑面积5万平方米。医院现有人员1192人，其中在职人员526人，现聘用人员666人，在职专业技术人员980人，在职人员中有22名正副高级职称专家，享受省政府和国务院专项津贴专家22人，国家中医药和省级中医药20人。医院现有国家重点临床专科2个，国家重点中医专科(专科)4个，国家重点中医学科4个，国家重点中医学科1个，国家三级实验室5个，省政府重点学科7个，省级重点实验室1个，省卫生厅重点学科7个。同时，医院设有中医、中医临床、针灸经络研究所3个，国家中医药改革基地设在医院。