齐齐哈尔医学院第三附属医院成立于1928年，前身为齐齐哈尔铁路中心医院。2004年，主辅分离属于齐齐哈尔医学院，然后更名为齐齐哈尔医学院第三附属医院。2007年，齐齐哈尔医学院第七附属医院（原齐齐集团医院、齐齐哈尔肿瘤医院）合并。

   经过伪满、抗日战争、解放战争和新中国的成立，医院不仅经历了战争的洗礼，而且唱着拯救生命、治愈伤员和救人的颂歌。1946年6月，前四野二纵吴志理担任医院院长。后来，吴志理担任中国人民解放军医学科学院副院长、中国医学会副会长。他带领员工积极支持东北解放战争。肠梗阻在黑龙江省处于领先地位。1951年5月，沈克非、黄宛、盛志勇院士随抗美援朝医疗队来到医院，大力开展胸外、骨外、脑外各种手术治疗志愿者。刘波同志是红色经典小说《林海雪原》作者曲波的妻子，后来被调到北京医科大学担任党委书记。著名表演艺术家葛存壮曾在医院药剂科工作。

   现在的齐齐哈尔医学院附属第三医院是集医疗、教学、预防、保健于一体的省内一流高水平学术型医院。1991年的时候成为全国首批、黑龙江省首家三级甲等医院，并且2010年通过黑龙江省第二周期医院等级评审验收，成为再次的齐齐哈尔市首家三级甲等医院。现有东西两个院区，下设有齐齐哈尔市肿瘤医院、齐齐哈尔分中心、消化分院、2个社区卫生中心、80余个临床医技科室、14个教研室。编制床位2000张，占地面积8万余平方米，现在的建筑面积超过16.1一万平方米。现有员工2400余人，高级职称以上专业技术人员近400人，硕士、博士学位占专业技术人员总数的20%。